राम मंदिर के लिए चंदा इकट्ठा करने और उसके मैनेजमेंट सिस्टम को लेकर चल रही अटकलों के बीच, सरकारी सूत्रों ने साफ़ किया है कि श्री राम जन्मभूमि तीर्थ क्षेत्र ट्रस्ट में बड़े पैमाने पर पैसों की गड़बड़ी या सिस्टम में भ्रष्टाचार के दावे गणितीय रूप से बेबुनियाद हैं। उच्च-स्तरीय अधिकारियों के अनुसार, लोगों के स्वेच्छा से दिए गए चंदे से इकट्ठा हुए कुल 3,300 करोड़ रुपये का स्वतंत्र थर्ड-पार्टी बाहरी ऑडिटर्स, M/s V शंकर अय्यर एंड कंपनी ने पूरी तरह से ऑडिट और हिसाब-किताब किया है।
ट्रस्ट के मुख्य खर्चों—जिनमें मंदिर निर्माण के लिए 1,800 करोड़ रुपये और ज़मीन अधिग्रहण के लिए 400 करोड़ रुपये शामिल हैं—में कड़े वित्तीय और बैंकिंग नियमों का पालन किया गया है और इसमें कोई भी कैश लेन-देन नहीं हुआ है। अयोध्या के राम मंदिर में दान और चढ़ावे की कथित चोरी की जांच अब आउटसोर्स की गई सिक्योरिटी एजेंसी की भूमिका और स्टेट बैंक ऑफ़ इंडिया (SBI) की निगरानी प्रक्रियाओं पर केंद्रित हो गई है। हालांकि, सरकारी सूत्रों का कहना है कि यह घटना केवल कामकाज में हुई एक छोटी-सी चूक तक सीमित थी और इसमें मंदिर के मुख्य खातों में कोई वित्तीय गड़बड़ी या भ्रष्टाचार शामिल नहीं था।
सूत्रों के मुताबिक, कथित चोरी तब हुई जब डोनेशन काउंटिंग सेंटर पर नोटों को काउंटिंग मशीनों में डालने से पहले उन्हें हाथ से अलग-अलग किया जा रहा था। नोट गिनने का काम SBI और सैनिक सिक्योरिटी सर्विसेज (SSS) एजेंसी के बीच हुए समझौते के तहत किया गया था, जिसमें ट्रस्ट की भूमिका सिर्फ़ लॉक किए हुए डोनेशन बॉक्स (हुंडी) और सुरक्षित जगह उपलब्ध कराने तक ही सीमित थी।
SSS ने गिनती करने वाले कर्मचारियों को काम पर रखा, उन्हें सैलरी दी, सुरक्षा का इंतज़ाम किया, गिनती की प्रक्रिया को संभाला और गिने हुए कैश को बैंक अकाउंट में जमा किया। 40 कर्मचारियों में से, सिक्योरिटी एजेंसी के छह कर्मचारियों की पहचान CCTV फुटेज से की गई और बाद में कथित चोरी के मामले में उन्हें गिरफ़्तार कर लिया गया